在省级层面，福建疾控改革走在全国前列。2021年5月24日，福建省发布了《关于进一步深化医药卫生体制改革的意见》，明确了将依托同级卫健部门设置市、县级疾病预防控制局，福建也成为国家疾病预防控制局成立后，率先公布省、市、县疾控局组建总体框架的省份。2021年8月，福建省疾病预防控制局（筹）在福州揭牌，为全国首个挂牌的省疾控局。

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