始建于1946年，前身是宝安县人民医院，
1979年随着深圳经济特区的成立，更名为深圳市人民医院。
1996年，经国务院侨办批准，成为暨南大学医学院附属二院。伴随着经济特区的成长，深圳市人民医院已发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研为一体的深圳市最大的现代化 综合性医院。
医院占地面积９.０４万平方米,建筑面积近１１万平方米,开放病1000张,2002年出院病人达3万人次,门诊量达133万人次，手术总例数9775例。全院职工1830人，其中，主任医（药、技）师53人，副主任医（药、技、护）师279人，主治（管）医（药、技、护）师587人，护理人员641人。近年来，又先后从国内外引进了博士65人,硕士161人,各科室人员结构趋于合理，人才梯队完整。医院设有41个临床科室、10个医技科室。
1994年被评为深圳市第一家“三级甲等”医院。
几年来，医院不断加强专科建设，有微创外科、骨科、呼吸内科、新生儿科、肿瘤科、放射科六个市级重点专科。微创外科的微创技术已渗入到临床各个外科专业科室，处于全国领先地位。
2003年我院骨科被评为广东省特色专科，骨关节外科的人工关节技术和手、周围血管外科在组织缺损修复及功能重建的技术方面处于省内领先水平；脊柱外科是全国最早开展脊柱内窥镜技术的单位；新生儿科配备有中央监护系统、小儿呼吸机等先进设备；呼吸内科在支气管窥镜的应用和睡眠障碍疾病的治疗及机械辅助通气方面独具特色；肿瘤科设有肿瘤内科、肿瘤放疗科和肿瘤实验室，是全市肿瘤诊断治疗中心；放射科是全市规模最大、开展项目最多的医技科室，CT、MRI影像诊断和介入治疗在某些领域已达到省内或国内先进水平。
迄今，已成功完成14例肝移植。
2002年成功开展了异基因骨髓移植、亲缘性、非亲缘性以及脐血造血干细胞移植。
2003年成功完成广东省首例婴幼儿活体肝移植手术，肝移植手术在市人民医院已成为常规手术。血液内科的骨髓移植起步虽晚，但起点高，
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