随着电子支付手段的普及和市民的逐渐认可，原来单一运营商管理的模式已经难以适应多运营商的局面，需要在更大的范围内应用交通一卡通。2004年7月，深圳市政府召开了“关于研究推进我市交通一卡通相关工作的会议”，提出了深圳市交通坚持“一张卡、一个标准、一个公司运营”的原则，并提出了在坚持企业化、市场化原则的基础上，组建深圳通公司。据此，深圳市深圳通有限公司于2004年12月13日注册成立。 

    深圳市深圳通有限公司由深圳市地铁有限公司、深圳巴士集团股份有限公司、深圳运发实业有限公司和深圳深港实业（集团）有限公司投资组建。经营宗旨是通过投资建设并管理深圳市电子交易收费系统（“深圳通”卡），提高交易效率，方便市民，降低企业运营成本。经营范围为智能IC卡（包括用于公共大巴、公共小巴、出租小汽车、地铁、轻轨、轮渡等公共交通智能IC卡）的开发、制作、销售、应用、充值；电子交易收费系统相关配套设备的技术开发；电子交易收费系统运营技术开发、管理，信息咨询；广告业务。

    2006年1月18日在巴士集团所属的38路公交车上安装了首批“深圳通”设备，标志着“深圳通”卡已进实现了地面公交与地铁的互通，“深圳通”发卡量已经突破了百万张，市民手持“一张卡”乘坐地铁、地面公交车辆的目标已经实现。